Националният център по наркомании е създаден с ПМС № 14/1.02.1994г. на базата на съществуващата Клиника по зависимости към Държавната факултетска болница "Простор".

С ПМС № 69/19.03.2001г. НЦН е преобразуван под същото наименование и е приет нов Правилник за функциите, задачите и устройството му.
С ПМС № 363/29.12.2004 г. за структурни промени в системата на здравеопазването, Националният център отново е преобразуван, като от него са отделени дейностите по осъществяване на профилактика, диагностика, лечение и рехабилитация на злоупотребяващи и зависими от наркотични вещества лица.

НЦН осъществява функциите на:
-Орган за координация и методическо ръководство по проблемите на злоупотребата и зависимостта от наркотични вещества, включително на дейностите, свързани с превенция на злоупотребата с наркотични вещества, с лечение, с намаляване на здравните щети и рехабилитация на лица, злоупотребяващи или зависими от наркотични вещества;
-Орган за специализиран контрол на лечебната дейност по отношение на лица, злоупотребяващи или зависими от наркотични вещества;
-Експертен орган в областта на наркоманиите;
-Национален фокусен център;
Представителство на Република България в обединената европейска информационна система в областта на наркотиците и наркоманиите.
За упражняване на тези функции Центърът извършва следните основни дейности:
-разработва програми за профилактика на злоупотребата с наркотични вещества сред различните групи от населението на национално, регионално и общинско равнище;
-води регистър на лечебните заведения, които извършват субституиращи и поддържащи програми за лица, зависими от наркотични вещества;
-води общ национален регистър на пациентите, участващи в субституиращи и поддържащи програми за лица, зависими от наркотични вещества;
-участва в подготовката на проекти на нормативни актове в областта на наркотичните вещества и прекурсорите;
-извършва научни и научно-приложни изследвания в областта на наркоманиите;
събира, обработва, анализира и разпространява информация по проблемите на наркоманиите;
-осъществява следдипломно обучение на медицински и немедицински специалисти и обучение на студенти по проблемите на наркоманиите;
-осъществява международно сътрудничество в областта на проблемите на наркоманиите.
Националния център по наркомании работи по следните национални програми:
-Национална програма за изпълнение на Плана за действие на Националната стратегия за борба с наркотиците 2003 - 2008 г.;
-Национална програма за развитие на лечебна система от метадонови поддържащи програми в Република България 2006 - 2008 г. (приета с Решение №1 от 05.01.2006г. на Министерския съвет).